学院内设党政办公室、监管研究部、监察员培训部、质量管理部4个部门。各部门职责如下：

党政办公室：负责党群工作与管理、纪检监察与考试运行监督、行政管理、运行综合保障及上级交办的其他工作。

监管研究部：负责研究发展规划、研究类培训课程开发、市场开发、国际交流合作、科研规划及管理及上级交办的其他工作。

监察员培训部：负责与民航局对应业务司局对接、协调管理教学资源、教学的组织与实施、课程体系建设、学员管理、有效发挥教研室作用及上级交办的其他工作。

质量管理部：负责监察员行政执法能力测试考试管理和颁证、考试与评价工作、培训质量评估、培训管理手册体系建设、档案和信息管理、网络管理及上级交办的其他工作。

目前民航监察员培训学院核定人员编制115人，截至2024年9月份，在岗正式教职工41人。